Les probiotiques sont des produits – souvent présentés sous forme de gélules – contenant des millions de bactéries vivantes ainsi que des composés visant à aider les bactéries à croître (appelés prébiotiques). Leur objectif est de coloniser les intestins du consommateur afin de restaurer l’équilibre du microbiote (ou flore intestinale), mis à mal par une alimentation peu adaptée ou une prise d’antibiotiques, par exemple. Certains probiotiques visent à coloniser d’autres zones de l’organisme possédant un microbiote spécifique, comme le vagin ou la bouche. Les probiotiques sont de plus en plus prescrits et consommés, attirant les consommateurs, même sains, pour soulager des symptômes gastro-intestinaux, fortifier le système immunitaire, se protéger contre les maladies infectieuses, etc. « Cependant, on manque encore de preuves factuelles de tels impacts des probiotiques sur l’homme« , écrivent les auteurs des publications. L’équipe de chercheurs a donc mené deux projets, pour évaluer l’effet des probiotiques chez un individu sain, puis chez un individu dont la flore intestinale aurait été abimée par la prise d’antibiotiques – une indication majeure des probiotiques.

Face aux probiotiques, 2 profils de patients : les « persistants » et les « résistants »

Dans la première étude, 25 volontaires humains ont subi une endoscopie supérieure (observation de la partie supérieure de l’appareil digestif grâce à un tube souple muni d’une petite caméra) et une coloscopie pour échantillonner la composition de leur microbiote dans différentes régions intestinales. Pendant un mois, 15 d’entre eux ont reçu – à leur insu – soit une préparation probiotique à 11 souches différentes, soit un placebo. Trois semaines plus tard, les 25 participants ont à nouveau subi les mêmes examens, puis ont été suivis pendant deux mois supplémentaires.

Les résultats révèlent que les réponses diffèrent selon deux profils majeurs : les « persistants », chez qui les bactéries probiotiques s’installaient, bien que marginalement, et les « résistants », qui les expulsaient directement dans les selles. L’appartenance à l’un ou l’autre groupe pouvait être prédite non pas par l’analyse des selles, mais par la nature du microbiote de base et le profil d’expression de ses gènes. Ce dernier critère variait en effet chez les « persistants », mais pas chez les « résistants ». « Nos résultats suggèrent que les probiotiques ne devraient pas être universellement donnés de la même façon chez tout le monde« , explique dans un communiquéle Pr Erin Elinav, qui a co-dirigé ces travaux, « au lieu de cela, ils pourraient être adaptés à chaque individu et à ses besoins particuliers » en exploitant les technologies de « séquençage de nouvelle génération et analyses associées ».

Après la prise d’antibiotiques, les probiotiques ont retardé le retour à une flore saine

Quel est l’effet réel des probiotiques chez les gens dont la flore intestinale a été mise à mal par la prise d’antibiotiques ? Il s’agit en effet d’une indication majeure de prescription des probiotiques, supposés accélérer la recolonisation des intestins par les bactéries nécessaires à sa fonction. Dans la seconde étude, les chercheurs ont administré des antibiotiques à large spectre (non spécifiques d’une souche bactérienne précise) à 21 volontaires. Les sujets ont ensuite subi une endoscopie supérieure et une coloscopie pour observer les modifications à la fois de leur intestin et de leur flore à la suite du traitement antibiotique. Les volontaires ont ensuite été répartis au hasard en trois groupes. Le premier laissait son microbiome se rétablir tout seul. Le deuxième groupe a reçu la préparation probiotique à 11 souches pendant un mois. Le troisième groupe a reçu une greffe de microbiome fécal (aFMT), constituée de ses propres bactéries collectées avant l’administration de l’antibiotique.

Comme prévu, les probiotiques ont pu s’installer bien plus facilement dans les intestins dépeuplés par l’antibiotique. En revanche, ils n’ont pas accéléré le retour à la normale, et l’ont même… retardé ! À la surprise de l’équipe, la colonisation intestinale des probiotiques a en effet empêché la flore « normale » de retrouver sa configuration d’origine pendant des mois. A la place d’un microbiote équilibré, ce sont principalement les souches Bifidobacterium qui ont persisté chez les sujets, alors qu’elles ne dominaient pas la flore de base. Le nombre de souches bactériennes différant entre la flore normale et la flore observée en fin d’étude était même deux fois plus élevé chez les sujets ayant pris des probiotiques que chez les sujets n’ayant rien pris du tout. En revanche, la greffe de selles a entraîné la recolonisation du microbiome intestinal natif et le retour à la normale du profil d’expression génique intestinale en quelques jours.

Résultat après probiotiques : une dysbiose (déséquilibre de la flore), qui a duré au moins 5 mois chez les sujets ayant pris des probiotiques ! Ironique, quand on sait qu’ils sont justement consommés pour accélérer le retour à un microbiote sain. Cet « effet indésirable » des probiotiques « pourrait être important » au vu des liens établis « entre la dysbiose associée aux antibiotiques ou une faible diversité microbienne » et « une sensibilité accrue à une multitude de maladies chroniques et infectieuses« , d’après les auteurs de l’étude. »Ces résultats, révèlent un nouvel effet secondaire néfaste, potentiellement alarmant, de l’utilisation de probiotiques avec des antibiotiques, qui pourrait même avoir des conséquences à long terme « , commente le Pr Elinav.  « Nous suggérons, à rebours des discours actuels selon lesquels les probiotiques sont inoffensifs et profitent à tout le monde, d’adapter les préparations de probiotiques à chaque patient« , explique le Pr Eran Segal, l’autre co-directeur de ces travaux, « et dans certains cas d’utiliser la greffe de selles« .

Si ces deux études n’ont pas les effectifs suffisants pour évaluer l’efficacité des probiotiques, elles mettent cependant le doigt sur des conséquences potentielles insoupçonnées de ces produits généralement considérés comme anodins.