Microbiotes : ils redéfinissent notre santé


Bonjour à tous ,

Voici un article de science-et-vie.com que je voulais partager avec vous car je l’ai trouvé très intéressant ….

Des milliers d'espèces bactériennes (ici, en couleur, des bactéries de l'intestin) peuplent nos organes.

Des milliers d’espèces bactériennes (ici, en couleur, des bactéries de l’intestin) peuplent nos organes.

Sang, bouche, poumons… ne nous en déplaise, les bactéries sont partout ! Constituant non pas un mais plusieurs microbiotes intégrés dont dépend la bonne marche de notre organisme.

Débutée il y a un peu plus de quinze ans, l’exploration à grande échelle de nos flores microbiennes nous inflige une véritable blessure narcissique. Il faut bien le confesser : nous avons célébré un peu trop vite l’unicité de notre biologie… alors que cet édifice singulier s’effondrerait comme un château de cartes si sa base invisible et laborieuse venait à disparaître : les microbes. Sans eux, en effet, nous ne serions pas qui nous sommes. Et nous ne parlons pas seulement du désormais fameux microbiote intestinal. Non. Une faune microscopique fait pareillement corps avec nos cellules pour assurer la bonne santé de notre organisme, que ce soit sur notre peau, dans notre bouche, nos poumons, dans notre sang, ou même dans notre cerveau (voir S&V n° 1218, mars 2019).

« Les méthodes développées pour étudier la flore intestinale ont essaimé à tout le corps humain » , se réjouit l’un des pionniers du domaine, le micro biologiste Stanislav Dusko Ehrlich, à l’Inra et au King’s College London. Et que révèlent-elles ? Que, numériquement parlant, nous aurions au moins autant de bactéries en nous et sur nous que de cellules humaines ! Sans parler des champignons et autres particules virales qui nous peuplent. Et que, biologiquement parlant, nous sommes donc de véritables chimères mi-humaines mi-microbiennes, des Homo microbis ou, plus savamment encore, des « holobiontes » (du grec holo, « tout », et bios , « vie »).

DES « SUPRA-ORGANISMES »

Les scientifiques du monde entier prennent désormais très au sérieux cette interdépendance symbiotique. Et pour cause : elle ouvre sur des perspectives thérapeutiques majeures (lire pages précédentes). Car prendre soin de nous, c’est également prendre soin d’eux. Pour cela, il s’agit donc de mieux les connaître et, du même coup, de mieux « nous » connaître.

Caractériser tous les microbiotes qui nous constituent est devenu une priorité de la biologie humaine. « Les microbiotes intestinal, de la bouche, du vagin et de la peau sont à ce jour, et dans cet ordre, les mieux décrits » , résume Rob Knight (université de Californie, San Diego), grande figure de cette nouvelle discipline : la métagénomique humaine. Le stade où seul notre génome et ses gènes pesaient dans l’équation de la biologie humaine est dépassé. Nous sommes des « supra-organismes », mais aussi des « métagénomes ». Des méta-génomes essentiellement constitués de gènes issus de microbes – en 2018, Rob Knight évoquait dans un article un ratio de 1 gène humain pour 100 issus de notre métagénome intestinal ! C’est justement grâce aux progrès fulgurants en matière de séquençage de l’ADN, au début des années 2000, que la nature de tous ces microbiotes nous est apparue. Avant, la culture in vitro , toujours similaire à celle pratiquée par Louis Pasteur, ne révélait que la partie émergée de l’iceberg. Pour cette nouvelle science, le séquençage haut débit de l’ADN est devenu l’outil roi, tel un puissant microscope à même de révéler la diversité microbienne qui double notre propre corps.

Premier constat : tous nos organes en contact avec les éléments extérieurs constituent un vaste terrain de jeux pour nos microscopiques compagnons. Dépliés, notre peau, nos intestins et nos poumons offrent à eux seuls une surface équivalente à un demi-terrain de tennis à tout micro- organisme capable de s’y aventurer ! Si, pour la peau et l’intestin, cela n’a jamais fait aucun doute, la présence de microbes dans nos poumons ou notre cerveau a été une véritable surprise. « La découverte du microbiote pulmonaire a longtemps été retardée par l’idée que nos poumons étaient stériles » , rappelle Muriel Thomas, chercheuse à l’Inra et auteure d’une étude récente sur ce sujet. Toute trace de bactéries, de champignons ou de virus dans ces organes était autrefois interprétée comme pathologique. « Aujourd’hui, il n’y a plus de débat sur ce point » , tranche le microbiologiste clinicien Jacques Schrenzel (hôpital universitaire de Genève). Il faut dire que nos poumons repré-2 (presque autant que la peau et l’intestin réunis) : « C’est la plus grande partie de notre corps exposée à l’environnement extérieur » , souligne Elodie Ghedin (université de New York), qui étudie les effets des infections pulmonaires sur cette flore. La biomasse de cette dernière est toutefois plus réduite que celle de l’intestin. « C’est un micro-biote peu dense, qui se renouvelle en permanence, à la différence de celui du côlon, qui offre une niche durable , précise Muriel Thomas. Ce flux incessant est une des clés de la santé respiratoire ; si une bactérie commence à s’implanter, c’est le signe d’une mauvaise santé pulmonaire. »

DES MICROBIOTES CONNECTÉS

À la source de ce microbiote pulmonaire se trouvent évidemment notre gorge, notre nez et notre bouche. C’est par là que pénètre tout ce petit monde.

Des voies d’accès par nature propices à un séjour prolongé. « Au moins un millier d’espèces bactériennes sont capables de coloniser durablement la bouche , précise le microbiologiste George Hajishengallis (université de Pennsylvanie). Et nos dents et nos gen cives sont particulièrement sensibles à ce microbiote. « Nous savons aujourd’hui que l’apparition de caries et l’inflammation des gencives ne sont pas le fait d’une seule bactérie, mais d’un déséquilibre global de la flore buccale », souligne-t-il. Et bien que cette flore occupe un espace nettement plus réduit que celle de notre intestin, elle n’en est pas moins aussi riche en termes de diversité : « Elle est toutefois composée d’espèces différentes et tend à être dominée par des streptocoques » , précise le chercheur. Toutes nos muqueuses cherchent un contact durable avec les microbes : « Elles sont constituées de cellules qui produisent des sécrétions, comme le mucus, favorisant la colonisation bactérienne » , souligne Muriel Thomas. Et même lorsqu’un de ces épithéliums se montre plus avare en sécrétions, plus acide et plus froid, comme notre peau, il n’en demeure pas moins une niche foisonnante. Au total, ce sont plusieurs centaines d’espèces bactériennes différentes qui nous habitent de la tête aux pieds.

« L’un des défis majeurs à présent est de décrypter les rôles de chacune des composantes de ces microbiomes » , affirme Rob Knight. Sauf que l’une de ces composantes souffre d’un manque cruel de caracté risation : « Les virus sont les parents pauvres des études sur le microbio me » , déplore Christelle Desnues (CNRS, IHU Méditerranée infection). Que ce soit dans l’intestin, les poumons, la bouche, la peau ou l’appareil génito-urinaire sur lequel travaille la chercheuse, la flore virale est encore largement sous-estimée. « Les virus sont plus difficiles à identifier avec les méthodes actuelles », reconnaît Rob Knight. « Or, ils pourraient expliquer une part importante de la dynamique des microbriomes » , selon Elodie Ghedin. Et c’est là tout l’enjeu de la recherche sur nos microbiomes : en comprendre la dynamique, autrement dit la manière dont leur composition évolue en fonction de notre environnement. « Une flore altérée, c’est comme un organe atrophié » , évoque Stanislav Dusko Ehrlich.

UNE VISION ÉCOLOGIQUE DU CORPS

« Je pense que l’avenir nous réserve des surprises, renchérit Muriel Thomas. Le fait que ces micro-organismes puissent produire des métabolites très divers – des peptides qui miment les neuromédiateurs, des hormones-like, des molécules signalétiques… – souligne à quel point ils peuvent participer avec nos propres molécules aux communications cellulaires. » Cette influence sur nos propres voies de signalisation pourrait même unifier les microbiotes entre eux en leur permettant d’agir à distance les uns sur les autres. « Certaines bactéries de l’intestin sécrètent des molécules et des métabolites qui passent dans le sang et peuvent influer sur l’inflammation des poumons » , explique Elodie Ghedin. Il y aurait même un axe intestin-poumon ! « Les flores de ces deux organes sont sous étroite surveillance de notre système immunitaire : si l’un est attaqué ou devient malade, la pression immunitaire sur l’autre se relâche et sa flore s’en trouve perturbée » , détaille Thierry Piche (université de Nice Sophia Antipolis).

Une influence en cascade qui pourrait débuter dans notre bouche : « L’inflammation est la composante majeure de presque toutes les maladies chroniques. Or, la bouche est la niche la plus exposée à l’environnement extérieur. Et si les inflammations démarraient là, modifiant le tonus inflammatoire dans tout le corps ? » s’interroge Stanislav Dusko Ehrlich. Dans ce ping-pong entre microbiomes, les virus, plus mobiles, pourraient jouer un rôle important : « Nous ne savons pas encore lequel, mais ce qui est sûr, c’est que de nombreux virus bactériens et humains circulent dans nos fluides » , commente Christelle Desnues.

Une vraie vision écologique de notre corps s’impose désormais. Si le triomphe du génome humain avait, dans les années 2000, placé nos gènes au cœur de la recherche médicale, force est de cons tater qu’ils ne suffisent plus, à eux seuls, à nous comprendre. L’air que nous respirons, la nourriture que nous mangeons, les gens, les animaux que nous côtoyons, toutes les facettes de nos environnements se reflètent sur et sous notre peau : « Si chacun de nous possède des microbiotes uniques, ils sont tous sous l’influence directe de notre environnement social. Les gens qui vivent ensemble, partagent les mêmes lieux et la même alimentation ont des microbiotes qui se ressemblent davantage que ceux qui vivent loin. Même le microbiote de vrais jumeaux diverge au fil des ans » , souligne Stanislav Dusko Ehrlich.

Les scientifiques s’attellent à présent à mieux comprendre les facteurs génétiques et environnementaux qui façonnent ce « double microbien ». En ligne de mire : l’espoir de développer des stratégies préventives et curatives. À l’avenir, prendre soin de nous consistera donc de plus en plus à prendre soin des microbes qui font corps avec nous. De tous ces autres qui nous animent.

Tous ces microbiotes qui nous façonnent

Les scientifiques en ont désormais la preuve : tous nos organes cachent un microbiote propre à chacun.

Mes sources : science-et-vie.com

Au plaisir de vous lire à bientôt sur laviehealthydegaelle.com 

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